API

Command Line API

CLI Usage

• Command Line Tool API
  • velocyto
    • run
    • run-dropest
    • run-smartseq2
    • run10x
    • tools
      • dropest-bc-correct

Library API

The Analysis module

• velocyto.analysis module

The Estimation module

• velocyto.estimation module

The Neighbors module

• velocyto.neighbors module

The Diffusion module

• velocyto.diffusion module

The Serialization module

• velocyto.serialization module

Internals

• CLI Internals
  • velocyto.counter module
  • velocyto.transcript_model module
  • velocyto.segment_match module
  • velocyto.feature module
  • velocyto.indexes module
  • velocyto.molitem module
  • velocyto.gene_info module
  • velocyto.read module

Customizable Internals

• CLI Logic
  • velocyto.logic module